長崎県立大学は、経済学科、地域政策学科、流通・経営学科からなる経済学部、国際交流学科、情報メディア学科からなる国際情報学部、看護学科、栄養健康学科からなる看護栄養学部の3学部7学科で構成されています。
また、大学院は、産業経済・経済開発専攻(修士課程)からなる経済学研究科、国際交流学専攻、情報メディア学専攻からなる国際情報学研究科、看護学専攻(修士課程)、栄養科学専攻(博士前期・後期課程)からなる人間健康科学研究科の3研究科5専攻で構成されています。その他、附属図書館(佐世保校)、附属図書館(シーボルト校)、国際交流センター、地域連携センター、教育開発センター、東アジア研究所、各校事務局があります。