長崎県立大学は、経営学科、国際経営学科からなる経営学部、公共政策学科、実践経済学科からなる地域創造学部、国際社会学科からなる国際社会学部、情報システム学科、情報セキュリティ学科からなる情報システム学部、看護学科、栄養健康学科からなる看護栄養学部の5学部9学科で構成されています。
また、大学院は、地域社会マネジメント専攻、情報工学専攻、人間健康科学専攻（修士課程）と地域創生専攻（博士後期課程）からなる地域創生研究科の4専攻で構成されています。その他、附属図書館（佐世保校・シーボルト校）、国際交流研究センター、地域連携センター、教育開発センター、NAGASAKIセキュリティベース研究所、事務局（佐世保校・シーボルト校）があります。